Химический анализ окаменелостей древнего шестиметрового живого организма с древоподобным стволом показал, что это гриб. Долгое время учёные считали прототаксит (Prototаxites) хвойным деревом. В 2001 году Фрэнсис Хюбер из Государственного музея естественной истории в Вашингтоне изучил структуру окаменелостей и впервые предположил, что прототаксит может принадлежать к царству грибов. Доказательств этого у него, однако, не было.
По словам Кевина Бойса, геофизика из Чикагского университета штата Иллинойс, очень трудно убедить людей в том, что на Земле когда-то существовал шестиметровый гриб. Бойсу удалось разгадать загадку этого древнего организма, сравнив образцы углерода прототаксита с углеродом, обнаруженным в растениях того периода (около 400-350 миллионов лет назад).

Растения способны поглощать лишь углерод из двуокиси углерода, которая находится в воздухе. В результате, соотношение между двумя изотопами CO₂, углеродом-12 и углеродом-13, в растениях за определённый период времени всегда одинаково. Ранее считалось, что грибы ближе к растениям, нежели к животным, однако потом оказалось, что они, как и животные, являются организмами, неспособными синтезировать органические вещества из неорганических. Соответственно, они не способны к фотосинтезу и поглощают органику.

Исследователи обнаружили, что соотношение изотопов углерода в окаменелостях грибов различается намного сильнее, чем в окаменелостях растений того же периода времени. Углеродный анализ прототаксита показал, что этот организм поглощал некоторую часть своего углерода не из воздуха.

Окаменелости этого гигантского гриба были впервые обнаружены около века назад, и с тех пор их находили по всему миру. В те времена, когда они существовали, на суше ещё не было позвоночных. Из морей вышли лишь черви и первые сороконожки.